Cốt truyện của Mario + Rabbids Kingdom Battle kể về sự gặp gỡ kỳ lạ giữa Mario và những chú thỏ điên, Rabbids. Vương Quốc Nấm hiện bị xé ra thành nhiều khu vực khác nhau bởi một lốc xoáy bí ẩn, nó đem các Rabbids đến nơi từng yên ổn này, và xáo trộn mọi thứ. Để đưa Vương Quốc Nấm về lại trật tự ban đầu, Mario, Luigi, Princess Peach, và Yoshi đã lập nhóm với một số Rabbids anh hùng trong chuyến đi qua các bốn khu vực khác nhau.